Con la Resistenza di Ciel ha sconfitto Copy X, il sovrano di Neo Arcadia. Il terrore del regime Neo Arcadia era terminato, ma la carenza di energia rimaneva un problema costante. Ciel si dedicò alla ricerca di nuove forme di energia. E Elpizo divenne il nuovo leader della Resistenza. Tuttavia, sopraffatto dal desiderio di potere, Elpizo risvegliò il Dark Elf, la cui magia aveva una volta quasi distrutto il mondo. Elpizo, assetato dal potere del Dark Elf, perse di vista il proprio dovere, e fu infine sconfitto dopo una feroce battaglia. Tuttavia, il Dark Elf fuggì, la sua destinazione ignota... La battaglia contro il Dark Elf era solo all'inizio. Due mesi dopo gli eventi di Mega Man Zero 2, un'astronave che si è schiantata da poco emette energia simile a quella del Dark Elf. Zero, Ciel e una coppia di membri della Resistenza partirono per indagare. Non molto tempo dopo l'inizio della missione, Ciel e i due membri della Resistenza furono catturati da Neo Arcadia mentre Zero entrava nella nave. Tuttavia, non furono feriti né tenuti prigionieri, poiché scoppiò un incidente che coinvolse un gigantesco Reploid chiamato Omega che neanche Leviathan e Fefnir insieme riuscivano a gestire. Zero interruppe la battaglia e si ritrovò a gestire la situazione da solo. Poco tempo dopo fu introdotto il Dr. Weil, con Copy X apparentemente risorto al suo fianco, che poi riacquistò la leadership di Neo Arcadia, molto a dispetto di Harpuia.