La storia completa della prima missione di Samus Aran si svela finalmente… Il primo gioco Metroid ha appena sfiorato la superficie degli eventi catastrofici sul pianeta Zebes, e finalmente il resto della storia è venuto alla luce. Vivi la prima delle leggendarie avventure di Samus attraverso nuove sequenze cinematografiche e sequenze d’azione, mentre la cacciatrice di taglie corre attraverso le profondità verso il suo scontro con il capo dei Pirati Spaziali. Ma la fine di Mother Brain significherà davvero la fine della storia...? Il completamento del gioco sblocca una versione emulata del Metroid originale. Zero Mission consente inoltre ai giocatori di sbloccare la galleria di immagini Metroid Fusion collegando tra loro le cartucce Zero Mission e Fusion tramite il cavo di collegamento Game Link Cable per Game Boy Advance.