Oggi è il compleanno di Princess Peach, quindi il suo castello è pieno di regali. Mario e Luigi sono lì, e stanno festeggiando con i Toad e Princess Peach quando arriva una gigantesca torta di compleanno. Da chi potrebbe provenire? Improvvisamente, Bowser Jr. e i suoi scagnozzi saltano fuori dalla torta. Tutti sono scioccati e scoppia il pandemonio. In un attimo, gli invasori rapiscono Princess Peach e volano via a bordo di una gigantesca nave aerea. I Toad sono in panico! Mario e Luigi—e Yellow Toad, Blue Toad e Yoshi—inseguono la nave aerea per salvare Princess Peach. Insieme, i quattro partono per un viaggio avventuroso!