Pandora's Tower si concentra sui viaggi di Aeron attraverso tredici torri per spezzare una maledizione su Elena che la sta trasformando in una bestia, usando la sua spada magica e la catena. Un certo gruppo di questi mostri è chiamato bestie, poiché la loro carne può essere usata per invertire temporaneamente gli effetti della maledizione. L'obiettivo principale del gioco è ottenere la "Master Flesh" dal mostro maestro di ogni torre, poiché questo è l'unico modo per spezzare la maledizione. I giocatori hanno a disposizione solo una certa quantità di tempo all'interno delle torri prima che la maledizione su Elena peggiori (visualizzata come una barra sullo schermo del giocatore) e il giocatore è costretto a uscire dalla torre per dare la carne a Elena; pertanto è importante che il giocatore prenda scorciatoie per raggiungere la cima e anche per tornare indietro.