Dopo che Great Zapfish, la principale fonte di energia di Inkopolis, è stato rubato, Cap'n Cuttlefish impiega una Splatoon di Inklings per recarsi alla base segreta sotterranea degli Octarians e recuperarlo. I giocatori assumono il ruolo di Agent 3 della New Squidbeak Splatoon e percorrono il paesaggio insidioso di Octo Valley per riconquistare vari Zapfish perduti, Sunken Scrolls e Power Eggs.