Il Regno dei Funghi è rimasto un luogo pacifico, grazie alle coraggiose imprese di Mario e Luigi. Tuttavia, il Regno dei Funghi costituisce l'ingresso nel Mondo dei Funghi, un luogo dove tutto non va bene. Bowser ha mandato i suoi sette figli a fare guai in questa terra normalmente pacifica. Come prima cosa da fare, hanno rubato le bacchette magiche reali da ciascun paese del Mondo dei Funghi e le hanno usate per trasformare i re in animali. Mario e Luigi devono recuperare le bacchette magiche reali dai sette figli di Bowser per riportare i re alle loro vere forme. Mentre Mario e Luigi partono per un viaggio nel profondo del Mondo dei Funghi, la Principessa Peach e Toad hanno una sola cosa da dire: "Addio e buona fortuna!"