Un giovane ragazzo di nome Link è cresciuto nel villaggio del popolo Kokiri dall'aspetto elfico. Un giorno una fata di nome Navi gli presenta il guardiano del villaggio, il Grande Albero Deku. Sembra che un uomo misterioso abbia maledetto l'albero, e Link venga inviato al Castello di Hyrule per saperne di più. La principessa Zelda dice a Link che Ganondorf, il capo della tribù Gerudo, cerca di ottenere la Triforza, una reliquia sacra che conferisce immenso potere a chi la possiede. Link deve fare tutto ciò che è in suo potere per ottenere la Triforza prima che Ganondorf la ottenga, e salvare Hyrule.