Il più losco e scorbutico amante dell'aglio del mondo non lascia mai sfuggire uno schema per farsi una rapida fortuna. Wario: Master of Disguise si apre con il nostro eroe avido di soldi che prende una pausa dal suo ruolo di losco impresario del software per guardare un programma televisivo su un maestro ladro. In preda a una vera e propria ondata di gelosia, Wario salta attraverso lo schermo e intraprende la propria carriera glamour in giro per il mondo come ladro. Con i consigli utili di una bacchetta magica baffuta chiamata Goodstyle, presto imparerai a usare lo stilo DS per disegnare disegni specifici su Wario, così da dargli nuovi costumi. Fatti strada in località esotiche, da una lussuosa nave da crociera a rovine sommerse fino a una piramide egizia, tutto nella speranza di arraffare quanto tesoro e bottino possa portare Wario.