The Peaceful Woods una volta era la casa amichevole degli sprite e di altre creature della foresta gentili. Tuttavia, Wario e la sua banda di mostri invasero la serenità dei boschi. La pacifica comunità boschiva è ora stata messa sottosopra da questi orrendi eventi. Wario ha ora intitolato i boschi al suo nome, e le creature pacifiche non sono benvenute. Toad, l'eroe del Mushroom Kingdom, ha deciso di recarsi a Wario's Woods e porre fine al malvagio regno del terrore di Wario. Toad sa che, con l'aiuto degli sprite, potrà liberare la foresta dalla nemesi contorta di Mario. Per fortuna, gli sprite sono in grado di creare bombe. È compito di Toad allineare le bombe con i nemici dei boschi, sconfiggendo così quelle creature malvagie. Man mano che libera sempre più boschi, Toad si avvicina sempre più alla sfida finale di affrontare Wario.