Xenoblade Chronicles X si apre con l'umanità, avvertita della sua imminente distruzione nel fuoco incrociato tra due razze aliene in guerra, che costruiscono arche interstellari per fuggire dalla Terra. Tuttavia, solo alcune arche interstellari sfuggono alla distruzione, tra cui l'arca White Whale. Due anni dopo il lancio, l'arca White Whale viene attaccata e trasportata su Mira. Durante l'atterraggio di emergenza, il Lifehold — un dispositivo che contiene la maggior parte dei coloni umani — si separa dall'arca White Whale, con i pod di salvataggio contenenti i coloni sparsi per Mira. L'avatar viene risvegliato da Elma e riportato a New Los Angeles. Mentre soffre di amnesia, l'avatar si unisce a BLADE, collaborando con Elma e Lin per recuperare altri pod di salvataggio e cercare il Lifehold. Durante le loro missioni attraverso Mira, BLADE incontra molteplici razze aliene, apprendendo che coloro che li attaccano fanno parte della coalizione Ganglion, un'alleanza di razze guidate dalla razza Ganglion, che hanno l'intento di distruggere l'umanità.