Xenoblade Chronicles X inizia con l'umanità, avvertita della sua imminente distruzione nel fuoco incrociato tra due razze aliene in guerra, che costruisce arche interstellari per fuggire dalla Terra. Tuttavia, solo arche sfuggono alla distruzione, tra cui l’arca White Whale. Due anni dopo il lancio, l’arca White Whale viene attaccata e trasportata su Mira. Durante l’ammaraggio, Lifehold—un dispositivo contenente la maggior parte dei coloni umani—viene separato dall’arca White Whale, e i pod di vita contenenti i coloni si disperdono su Mira. Elma lo risveglia e lo riporta a New Los Angeles. Mentre soffre di amnesia, l’avatar si unisce a BLADE, lavorando con Elma e Lin per recuperare altri pod di vita e cercare il Lifehold. Durante le loro missioni su Mira, BLADE incontra molteplici razze aliene, apprendendo che coloro che li attaccano fanno parte della coalizione Ganglion, un’alleanza di razze guidata dalla razza Ganglion, che ha l’intento di distruggere l’umanità.