La storia del gioco ruota attorno a Craft Island, un'isola pacifica per gli Yoshis. Un giorno, Kamek trasforma tutti gli Yoshis tranne due in Wonder Wools come favore a Baby Bowser, che desidera usare il filato accumulato per costruire un nuovo castello a suo nome. Quando i due Yoshis rimasti notano che Kamek lascia accidentalmente cadere Wonder Wools nelle aree adiacenti a Craft Island, partono per una missione per recuperarli tutti e così ripristinare tutti gli Yoshis non tessuti. Dopo che Baby Bowser viene sconfitto nel suo castello, Kamek usa i suoi rimanenti Wonder Wools per renderlo più potente. Nonostante ciò, Baby Bowser viene sconfitto di nuovo, riportando tutti gli Yoshis non tessuti rimanenti al loro stato normale. Gli Yoshis ritornano su Craft Island, mentre Baby Bowser prende del tempo per "pensare a quello che ha fatto".