La scena del prologo ritrae una notte autunnale mentre un ragazzo di 15 anni (il protagonista del gioco) è in fuga da due ufficiali di polizia. Un uomo, stimato dalla polizia, decide di occuparsi della situazione da solo. L'uomo porta il ragazzo in una caffetteria, dove il ragazzo spiega di essere scappato dall'orfanotrofio per scoprire dove si trovano i suoi genitori. L'uomo si presenta come un detective privato di nome Shunsuke Utsugi e lo convince a diventare il suo assistente. Qualche mese dopo, Utsugi e il protagonista ricevono una telefonata per esaminare una scena del crimine. La vittima è una studentessa al primo anno di liceo di nome Yoko Kojima. Il protagonista inizia a raccogliere informazioni presso Ushimitsu High School per risolvere il caso Yoko e collegarlo al caso Genjiro Kaneda, con l'aiuto delle due amiche liceali di Yoko: una ragazza di nome Ayumi Tachibana e un ragazzo di nome Hitomi Kawaii. Si scopre presto che Yoko stava profondamente coinvolta in un'indagine su "The Tale of the Girl Who Stands Behind", un pettegolezzo riguardante lo spirito di una ragazza insanguinata che sta dietro a uno studente, e i tre si mettono alla ricerca della verità dietro questa voce.