Sono passati mille anni dagli eventi del Final Fantasy: Crystal Chronicles originale. La distruzione del Yuke Crystal durante la Grande Guerra, con la Tribù Yuke apparentemente annientata, aveva finalmente portato il dominio vittorioso dei Lilties sul mondo, trascinandolo in una nuova era di scienza e ragione attraverso macchine chiamate 'reattori di cristallo', con l'uso della magia messo al bando, e governano sui Clavats e su pochi Selkies che si conformano al nuovo ordine. In questa nuova era di squilibrio esiste una rara stirpe di potenti esseri chiamati 'portatori di cristallo', le cui abilità apparentemente magiche hanno portato il pubblico a temerli e disprezzarli.