Mahou Sensei Negima!? Neo-Pactio Fight!! è un gioco di combattimento in 3D. Le arene del gioco sono interamente in 3D e i personaggi possono muoversi in qualsiasi direzione, oltre a saltare. Fino a quattro giocatori possono partecipare alla Modalità Battaglia. I controlli si effettuano utilizzando sia il Wii Remote sia il Nunchuk (anche il Classic Controller e il Wii Remote, usato di lato, sono supportati come metodi di controllo). Alcuni attacchi e mosse richiedono di muovere rapidamente il Wii Remote verso sinistra e destra o su e giù. Ottenere una Carta Pactio permette di attivare una trasformazione Pactio come in Negima!?, casualmente (anche se è possibile controllarla) diventando una delle tre diverse forme: Armor (versione potente del tuo personaggio, che usa un attacco molto potente), Cosplay (il personaggio si veste con costumi e potenzia le abilità del personaggio) e Suka (o "Miss", in cui il tuo personaggio viene trasformato in un animale debole e superdeformato, come una Kappa nel caso di Kaede).