Un ibrido 3D metroidvania/sparatutto in prima persona guidato dall'esplorazione e sequel di Metroid Prime (2002), in cui Samus atterra su Aether, un pianeta intricato diviso tra versioni di luce e di oscurità, per aiutare i suoi ultimi abitanti a difendersi dagli invasori provenienti dalla sua incarnazione oscura, attraversando sia il mondo della luce sia quello delle tenebre, acquisendo nuovi potenziamenti e affrontando ambienti opprimenti.