Questa volta, però, Nights prende una piega leggermente diversa. In linea con il tema del "mondo dei sogni" — non sarebbe Nights senza di esso — i giocatori assumeranno il controllo di Will e Helen, due giovani bambini, ognuno dei quali entra in Nightopia (il mondo dei sogni) con il proprio retroscena, bagaglio emotivo e demoni interiori che prendono vita attraverso la creazione di incubi. È nel complesso un concetto piuttosto semplice, e con i cinque livelli principali di ogni bambino otterrete un pezzo diverso della storia che porta al medesimo grande finale. Una volta arrivati nella terra dei sogni, ogni personaggio incontra Nights quasi immediatamente, e da lì impara a fondersi con la creatura misteriosa e a volare attraverso il mondo di Nightopia. Lungo il percorso scoprirai la ricerca per trovare l'Ideya nascosta (fondamentalmente essenze dello spirito umano), e alla fine cercherai di sconfiggere una potente creatura simile a un dio di nome Wizeman e il suo braccio destro Reala.