Il gioco segue la stessa trama di Prince of Persia: The Two Thrones. Tuttavia, otteniamo ulteriori approfondimenti sulla storia durante i livelli bonus. A differenza della versione principale, il principe è effettivamente in grado di usare le porte di sabbia per il teletrasporto attraverso la città. Ogni porta di sabbia conduce a un livello bonus, portando a un totale di 9 livelli bonus. Tre di quei nove livelli conducono nello stesso luogo esatto, simile alle sezioni di potenziamento della vita viste in Prince of Persia: Sands of Time; ogni volta che vengono visitati, al principe viene assegnato un nuovo potere di sabbia. Tra i restanti livelli bonus, tre sono direttamente collegati alla storia. Si rivela che il vizir ha scoperto i segreti dei templi perduti di Zurvan. In ognuno di questi livelli c'è una statua di Zurvan che viene distrutta pezzo dopo pezzo man mano che il principe completa ciascun livello bonus. Il danno subito nei livelli bonus precedenti è rispecchiato nella statua presente nel livello corrente e viene distrutto quando il principe completa l'ultimo livello bonus. Il danno della statua indica simbolicamente la caduta di Zurvan/Vizir e mostra esattamente come sarà lo scontro contro il boss finale.