Il gioco inizia nel mezzo dell’azione mentre il Principe cerca di fuggire dal crollante Izdihar, con il genio dall’aspetto di fata Zahra al suo fianco, ma il regno sta affondando troppo rapidamente tra le sabbie, e Zahra si fonde col Principe per garantirgli la fuga. Salta giù da una torre, affidandosi al Genio. Perde conoscenza. La storia vera inizia in flashback mentre Zahra guida il Principe attraverso una giungla verso ciò che dice sarà il regno e la principessa che ha anelato. Quando raggiungono una radura, senza alcun regno all’orizzonte, Zahra invita il Principe a baciare una statua incantata dall’aspetto angelico. Questo crea un'unione magica tra Zahra e il Principe, proteggendo entrambi dalla morte e permettendo al Principe di vedere come vede Zahra. All'improvviso appare un portale, e Zahra spiega che è l'ingresso al regno di Izdihar. Zahra conduce il Principe a Izdihar e gli dice che è il regno che ha cercato. Tuttavia, Izdihar è deserta, coperta di viti velenose e in rovina. Il Principe vede improvvisamente una spada conficcata in una pietra, e la estrae, liberando una strega, che fugge nel cielo. Poi arriva una grande creatura, e il Principe usa la spada per trafiggerla, ma la lama si stacca dall’elsa, e la creatura fugge con la lama ancora conficcata nel suo corpo. Zahra spiega che rimuovendo la spada, il Principe ha involontariamente liberato un grande male, l’Haoma, che ha devastato gran parte di Izdihar ed eliminato il suo popolo. La spada era stata usata per contenere la strega Haoma e fermare la diffusione delle viti velenose di Haoma attraverso il regno. Con la strega libera, l’Haoma potrebbe ora continuare la sua devastazione di Izdihar. Zahra afferma che l’unico modo per sconfiggere l’Haoma è riforgiare la spada. Il Principe quindi parte all'inseguimento della creatura, per reclamare la lama e rimediare al suo errore di aver liberato la strega Haoma. Durante il viaggio attraverso Izdihar, Zahra spiega che un tempo era popolata dalla sua specie, finché arrivò l'Haoma. In quanto unica sopravvissuta, Zahra giurò di vendicare il suo popolo e sconfiggere l'Haoma. Per raggiungere questo, si fece vendere al Principe in un mercato, perché sapeva che lui possedeva la destrezza e l'ambizione per sconfiggere l'Haoma. Nell'ultimo confronto con la creatura, il Principe è vittorioso. Mentre muore, la creatura rivela di essere la forma maledetta dell'Haoma dell'ex re di Izdihar. Con il suo ultimo respiro, il re chiede al Principe di salvare la sua figlia, la principessa Nasreen, e di sconfiggere l'Haoma da Izdihar. Con rinnovato vigore, e con entrambi i pezzi della spada in suo possesso, il Principe parte per riforgiarla, completando quattro prove di ostacolo stabilite dagli dei. Con la spada magica ripristinata, il Principe insegue la strega Haoma. La trova, la sconfigge e uccide l’Haoma colpendo al cuore. Questo fa sì che la strega si trasformi nuovamente nella principessa Nasreen, che era stata posseduta dall’Haoma. Le viti appassite di Haoma afferrano la principessa, e per salvarla il Principe le dà un bacio, trasferendole il potere sulla morte che lui e Zahra possedevano. La principessa ora immortale cade da una sporgenza, Izdihar inizia a crollare, e l’Haoma muore. Il Principe cerca di fuggire dall'Izdihar in rovina, con Zahra ancora al suo fianco, ma il regno sta affondando troppo rapidamente nelle sabbie, e Zahra si fonde col Principe per garantirgli la fuga. Fa un salto della fede e perde conoscenza. Questa fusione porta il Principe nel regno spirituale di Zahra. La voce disincarnata di Zahra implora il Principe di restare con lei e di ricordarla sempre, insieme a Izdihar. Il Principe si risveglia da solo nella radura dove Zahra gli aveva chiesto per la prima volta di baciarla attraverso la statua incantata dall’aspetto angelico. La statua è ora frantumata, e la storia si conclude con il Principe che se ne va tristemente, partendo verso il deserto, il suo cuore pieno di ricordi di Zahra, della principessa Nasreen e delle sabbie dimenticate di Izdihar.