Negli anni che precedono l'incontro con Shrek e Donkey in Shrek 2, Puss in Boots deve dimostrare la propria innocenza e liberarsi da tutte le accuse che lo hanno reso un ricercato. Mentre Puss tenta di rubare i fagioli magici ai famigerati criminali Jack e Jill, l'eroe si imbatte nella sua controparte femminile, Kitty Softpaws, che lo conduce al suo vecchio amico diventato nemico, Humpty Dumpty. I ricordi di amicizia e tradimento aumentano i dubbi di Puss, ma alla fine accetta di aiutare Humpty Dumpty a ottenere i fagioli magici. Insieme, i tre pianificano di rubare i fagioli magici, recarsi al castello del gigante, rubare l'oca d'oro e assolvere Puss dalle accuse.