La storia è ambientata sul pianeta Nu-Earth, intrappolato nelle forze gravitazionali di due soli e di un buco nero (usato dai Southers per teletrasportarsi nella loro stazione spaziale del alto comando), dove è in corso una guerra perpetua tra i Norts e i Southers, in cui sono stati uccisi milioni di persone. Durante la guerra sono state usate tutte le forme di armi chimiche e biologiche, avvelenando il pianeta, e le truppe di entrambe le parti devono vivere in città chiuse e avventurarsi all’esterno solo indossando un protettivo equipaggiamento noto come una "bio-suit". I Southers hanno, attraverso l’ingegneria genetica (realizzata dai cosiddetti "gene genies"), sviluppato una razza di guerrieri immuni all’atmosfera letale e saranno dunque truppe superiori, la Genetic Infantry. Tutti i G.I.s sono stati resi immuni a tutte le tossine, malattie e acidi (tranne uno). L'Alto Comando Souther schiera la sua arma segreta in un assalto aereo, ma un traditore ha tradito il segreto dei G.I.s ai Norts e questi vengono massacrati durante lo sgancio. Questo è noto come il Quartz Zone Massacre. Rogue, apparentemente l’unico G.I. sopravvissuto (finché non incontra Venus Bluegenes), va in diserzione per rintracciare il Generale Traditore responsabile e vendicare il resto dei G.I.s. Lungo la strada sventra numerosi schemi Nort, distrugge alcuni tra i più alti ufficiali di Nort-land, come Grand Admiral Hoffa e Sergeant-Kaptain Natashov. Tutti i G.I.s possiedono un biochip impiantato all’interno del cranio che contiene i loro tratti della personalità, i ricordi e la coscienza. Dopo la morte di un G.I., il suo biochip può essere inserito in una fessura dell’equipaggiamento o dell’arma di un altro G.I., permettendogli di controllarlo. Il biochip può in seguito essere inserito in un nuovo corpo, permettendo al G.I. caduto di rinascere. Una citazione è: "we're genetic infantry – even when we're dead we don't escape from war."