Il gioco inizia con Rogue e i suoi compagni lanciati da una dropship. Vengono bersagliati dal fuoco dei Norts a causa delle informazioni che erano state trapelate dal General. All'atterraggio la prima missione è un tutorial su come usare le abilità di Rogue e anche i Bio-chip di Gunnar e poi di Bagman. Il terzo Bio-chip di Helm viene acquisito in una missione successiva. I Bio-chip hanno le loro abilità. Gunnar è attaccato al fianco della carabina di Rogue e può essere usato come una sentinella mentre Rogue aggira il nemico. Bagman fornisce munizioni e aggiornamenti per l'equipaggiamento di Rogue realizzati con il recupero raccolto lungo il percorso e si occupa anche della sua salute. Helm viene usato per accedere a console e pannelli dei computer permettendo a Rogue di accedere in aree proibite. Rogue lavora attraverso i vari livelli nel modo più furtivo possibile cercando di sorprendere i Norts con mosse letali, ma con l'arsenale a sua disposizione è anche in grado di scatenare l'inferno e fronteggiare i nemici faccia a faccia. Inseguendo il General traditore, Rogue alla fine raggiunge nell'ultima missione un'abbondante ondata di Norts che cercano di fermarlo.