Shin Megami Tensei si svolge in un Tokio del prossimo futuro, prima nell'anno '199X', e poi 30 anni dopo in una versione post-apocalittica della città. Si è aperta una frattura verso un altro mondo, permettendo ai demoni di invadere Tokyo; utilizzando un programma informatico, gli esseri umani sono in grado di comunicare con i demoni e di evocarli. Nel corso della storia, gli orientamenti morali sono rappresentati in vari modi: accanto al percorso centrale 'neutrale', la fazione 'Legge' crede nell'instaurare un ordine logico a scapito dei sentimenti e della libertà, mentre la fazione 'Caos' sostiene una libertà illimitata per l'individuo, scartando i deboli.