I livelli puzzle in modalità giocatore singolo di Super Monkey Ball: Banana Blitz sono stati progettati per mettere alla prova le abilità dei giocatori come mai prima d'ora. Per la prima volta nella serie di Super Monkey Ball, AiAi e i suoi amici hanno la capacità di saltare quando i giocatori eseguono un movimento verso l'alto con il controller Nintendo Wii. La capacità di saltare ha dato ai designer di giochi una nuova dimensione con cui espandere l'esperienza di gameplay di Super Monkey Ball e permette ai giocatori un intero nuovo modo di interagire con la serie; questa volta in piena tridimensionalità. I Party Games tornano con una varietà ancora maggiore che mai. Una miriade di nuovi Party Games sono stati progettati per sfruttare il controller Wii in molteplici modi. I giocatori si ritrovano a competere in un tradizionale gioco di lancio degli anelli, o addirittura a colpire talpe fastidiose in un gioco di "Whack-a-Mole."