La trama riguarda Splinter che organizza un torneo per i suoi figli, Casey Jones e April O'Neil; anche Splinter decide di partecipare al torneo. Dopo che il vincitore è incoronato, gli viene chiesto di scegliere un trofeo e qualcosa dal suo armadietto personale. Tuttavia, all'improvviso il Professor Honeycutt li chiama sulla linea di soccorso, informando le Tartarughe che è stato rapito dallo Shredder. Lo Shredder interrompe la comunicazione e fa notare che la linea non è sicura, provocandoli e dicendo che non recupereranno Fugitoid. Mentre riflettono all'esterno, appare Karai e dice che lo Shredder ha catturato Fugitoid per costringerlo a creare un Transmat per teletrasportare i suoi eserciti in tutto il mondo. Dopo aver sconfitto lo Shredder, Karai rivela di aver usato le Tartarughe per liberarsi dello Shredder così da potersi impossessare del Foot Clan dal padre. Lo Shredder si rialza, e Leonardo lo scaglia contro Karai. Honeycutt aziona l'interruttore del Transmat, su cui sono atterrati lo Shredder e Karai, e li teletrasporta in luoghi ignoti. Di ritorno nella fogna, Splinter presenta i premi al vincitore del torneo. Il gioco viene fornito con un fumetto che espande ulteriormente la storia, fino a prima della sconfitta dello Shredder. Scene che non erano presenti nel gioco includono Donatello che manomette lo Scettro del Tempo di Renet per trasportarli alla base di Shredder a Tokyo, ma si guasta e finiscono per viaggiare nel tempo, fornendo una spiegazione per i livelli bizzarri come il Vecchio West e il Castello Giapponese. Durante il primo teletrasporto con lo Scettro, un gigantesco alligatore irrompe da una parete della fogna e viene accidentalmente trasportato in una foresta pluviale amazzonica, spiegando perché l'ostacolo del livello dell'alligatore si trovi sia nel livello della Fogna sia in quello dell'Amazzonia. Mentre si trovano al Castello Giapponese, le Tartarughe affrontano un esercito di samurai, che si rivela essere il demone giapponese noto come Oni. La storia termina dopo che Fugitoid è stato salvato, e lo Shredder compare per la battaglia.