Tornado Outbreak segue un gruppo di Wind Warriors, guidato dal Capitano Nimbus. I Wind Warriors sono un nobile gruppo di Elementali dell'Aria incaricati di fornire atmosfera su pianeti privi di vita. I giocatori prendono il controllo di un Wind Warrior blu spiraleggiante chiamato Zephyr, che è stato scelto da Nimbus per prendere le redini della squadra di Wind Warriors. I Wind Warriors, insieme a Zephyr e Nimbus, scoprono l'essere antimateria noto come Omegaton, le cui sei sfere di potere gli sono state sottratte dai suoi nemici; piccoli diavoletti fiammeggianti noti come i Fire Flyers. In cambio di aiutarlo a riacquistare le sue sfere di potere, Omegaton fornisce ai Wind Warriors un Dispositivo di Amalgama di Oggetti di Peso Leggero (abbreviato L.O.A.D. STARR) per proteggerli dalle mortali radiazioni del sole. Verso la fine del gioco, si scopre che Omegaton proviene da una dimensione retrograda; un eroe nello spazio è un cattivo sulla Terra. Il gioco si conclude con Zephyr, Nimbus e i Wind Warriors che sconfiggono Omegaton e ritornano al loro mondo natale, Harmonia.