La storia di Cybertron Adventures si sviluppa attraverso due campagne: una per gli Autobots e una per i Decepticons. Le campagne sono intrecciate, con le fasi Decepticon che conducono direttamente alle fasi corrispondenti degli Autobot. La trama si svolge tra l’ottavo e il nono capitolo di War for Cybertron, espandendo l’uso che i Decepticons fanno di Trypticon, una potente arma che minaccia gli sforzi di evacuazione degli Autobots. I preparativi degli Autobots sono interrotti dalle devastanti esplosioni orbitali di Trypticon, costringendoli all’azione mentre i Decepticons cercano di usarla contro di loro. Nella campagna Autobot, Sideswipe guida una missione di ricerca e soccorso dopo che un’esplosione di Trypticon devasta l’area. Combatte contro le forze Decepticon per salvare gli Autobots, salvando infine Ratchet, che ha informazioni vitali per Optimus Prime. Nel frattempo, Bumblebee e Ironhide si infiltrano a Kaon per rubare dati su Trypticon. Nonostante una forte resistenza dei Decepticon, riescono a recuperare le informazioni ma vengono intercettati da Megatron. Ironhide in seguito fugge dalla cattività e salva Bumblebee, e i due tornano da Optimus con i dati rubati. Mentre gli Autobots proseguono la loro missione, Air Raid ha il compito di spegnere l’alimentazione di Trypticon navigando in cunicoli pericolosi e respingendo le forze Decepticon. Dopo una serie di battaglie intense, Air Raid disattiva con successo il flusso energetico verso Trypticon. Nel frattempo, Bumblebee avanza in avanscoperta per proteggere il convoglio di rifornimento degli Autobot dagli imboscate Decepticon. I suoi sforzi portano a una fuga tesa e alla distruzione delle armi antiaeree Decepticon, permettendo al convoglio di proseguire. Con Trypticon neutralizzato, gli Autobots si preparano per la loro ultima resistenza. Nell’ultima battaglia, le esplosioni orbitali di Trypticon danneggiano le navi degli Autobots, e la massiccia arma Decepticon si schianta sulla superficie. Optimus Prime, Bumblebee e Ironhide lottano contro le forze Decepticon per raggiungere Trypticon, che si è trasformato in modalità robot. Dopo un intenso combattimento, tra cui evitare i potenti raggi energetici di Trypticon e sciami di missili, Optimus e la sua squadra concentrano il fuoco sulla bocca vulnerabile del mostro, finché non lo abbattono. Pur essendo la minaccia di Trypticon finita, Optimus sa che la guerra è ben lungi dall’essere finita, e la lotta degli Autobots continua. Nella campagna Decepticon, Megatron trae grande piacere dalla distruzione causata dalla sua nuova superarma, Trypticon. Ordina a Starscream e Skywarp di eliminare gli Autobots rimasti, sebbene Starscream protesti, spingendo Megatron a costringerlo a ripulire i detriti orbitali invece. Mentre Megatron continua la sua furia, insegue gli Autobots in fuga, mitragliandoli senza pietà. Alla fine affronta Ratchet e, dopo uno scambio di insulti e fuoco di blaster, Megatron spinge il medico ferito giù da una sporgenza alta, guardandolo cadere. Starscream, frustrato dagli ordini di Megatron, viene inviato a occuparsi di alcuni detriti orbitali e in seguito rintraccia gli Autobots tra i rottami. Si unisce a Thundercracker nel distruggere un asteroide prima di affrontare una serie di Autobot Destroyers e, in seguito, confrontarsi con il suo vecchio compagno, Jetfire. Megatron rimprovera Starscream per aver abbandonato la sua postazione e per non aver custodito Trypticon, mandandolo a occuparsi dei relè Energon mentre Thundercracker gestisce un incrociatore più grande. L’amarezza di Starscream cresce quando torna a Trypticon dopo la sua missione. Soundwave, accompagnato da Barricade, è incaricato di difendere il Datacore da un’infiltrazione Autobot. Mentre naviga lungo un’autostrada assediata, Soundwave affronta Aerialbots e un Autobot Destroyer. Dopo aver scaricato informazioni dal Datacore e aver impedito una fuga, Soundwave intercetta gli Autobots Ironhide e Bumblebee e, con un colpo di fusione di Megatron, elimina la minaccia. La missione ha successo, e Soundwave è lodato per la sua efficienza. Skywarp conduce un assalto Decepticon su Iacon, sterminando gli Autobots e sabotando i relè Energon. Prende piacere ad eliminare le forze nemiche e a fornire copertura a Thundercracker, che è danneggiato. Dopo aver piazzato cariche esplosive e mirato ai punti deboli nelle centrali, Skywarp affronta una serie di Autobot Destroyers e difese antiaeree prima di fuggire in modo drammatico da una sfera di fuoco in espansione. Nel frattempo, Barricade attraversa l’autostrada verso Iacon, liberando le ostruzioni stradali e fronteggiando le guardie Autobot, permettendo infine a Starscream di prendere il controllo della Sala del Consiglio. Gli Autobots sono in fuga, e i Decepticons si preparano per la prossima fase della loro invasione.