Il giocatore interpreta il ruolo di un marine (senza nome per rappresentare ulteriormente la persona che sta giocando), «uno dei più duri della Terra, temprato in combattimento e addestrato per l'azione», che è stato incarcerato su Marte dopo aver aggredito un ufficiale di grado superiore quando gli fu ordinato di aprire il fuoco sui civili. Lì lavora al fianco della Union Aerospace Corporation (UAC), un conglomerato multiplanetario e appaltatore militare che conduce esperimenti segreti sui viaggi interdimensionali. Recentemente, il teletrasporto ha mostrato segni di anomalie e instabilità, ma la ricerca continua comunque. Improvvisamente, qualcosa va storto e creature dall'inferno si riversano fuori dai portali di teletrasporto su Deimos e Phobos. Una risposta difensiva della sicurezza della base non riesce a fermare l'invasione, e le basi vengono rapidamente sopraffatte dai mostri; tutto il personale viene ucciso o trasformato in zombie. Un distaccamento militare proveniente da Marte si reca su Phobos per indagare sull'incidente. Al giocatore viene affidato il compito di mettere in sicurezza il perimetro, mentre il team d'assalto e le loro armi pesanti vengono portati all'interno. I contatti radio cessano presto e il giocatore si rende conto di essere l'unico sopravvissuto. Non essendo in grado di pilotare da solo lo shuttle fuori da Phobos, l'unico modo per fuggire è entrare e combattere attraverso i complessi della base lunare.