Il cugino di Gianluca ha detto che chi diventa "Number One" regnerà sul mondo, brandendo poteri simili a quelli di un dio. Qualcuno diventa Number One uccidendo il precedente Number One e prendendogli la fascia cerimoniale. Tuttavia, solo il "Number Two" può sfidare il Number One. Per questo motivo, pochi raggiungono mai il Number One, poiché la fascia di Number Two cambia proprietario costantemente. Il padre di Afro era il vecchio Number One, finché non fu brutalmente ucciso da un pistolero chiamato Justice, un evento visto da Afro da bambino. Ora adulto, Afro Samurai è l'attuale Number Two e maestro spadaccino; percorre la strada in cerca di vendetta contro Justice. Lunghe sequenze di flashback, sparse nel corso della storia, descrivono come Afro sia passato da un ragazzo impaurito in fuga dalla morte del padre, a maestro spadaccino, e infine diventare l'attuale "Number Two", mentre la storia presente racconta di Afro adulto che si dirige verso la fortezza sulla vetta della montagna dello "Number One" per duellare Justice, mentre nel frattempo il misterioso culto noto come la Empty Seven Clan invia vari agenti per uccidere Afro e prendere la sua fascia Number Two.