Quindici anni dopo gli eventi del film originale Alien, Amanda Ripley, figlia di Ellen Ripley, apprende da Christopher Samuels, un androide che lavora per la Weyland-Yutani corporation, che il registratore di volo della navicella di sua madre, la Nostromo, è stato recentemente rinvenuto dall'equipaggio di una nave di recupero, l'Anesidora. Il registratore di volo è tenuto a bordo di Sevastopol, una stazione spaziale remota di proprietà della Seegson corporation, in orbita attorno al pianeta gassoso KG-348. Samuels offre a Ripley un posto nel team Weyland-Yutani inviato a recuperarlo affinché possa avere una chiusura riguardo al destino della madre scomparsa. Ripley, Samuels e l'esecutivo Nina Taylor della Weyland-Yutani viaggiano verso Sevastopol a bordo della nave corsa Torrens. Il gruppo arriva a Sevastopol per trovare la stazione danneggiata e le sue comunicazioni offline. Tentano una uscita extraveicolare (EVA) per avvicinarsi alla stazione e indagare, ma la linea EVA viene tagliata dai detriti, e Ripley si separa dagli altri e deve entrare nella stazione da sola. Mentre esplora Sevastopol, Ripley trova il registratore di volo della Nostromo senza dati e apprende che la stazione è fuori controllo a causa di una creatura aliena letale a bordo. Dopo essersi raggruppata con Samuels e Taylor, Ripley incontra lo sceriffo della stazione, Waits, e il suo vice, Ricardo. Waits spiega che l'aliena è stata portata a bordo della stazione dal capitano dell'Anesidora, Henry Marlow, la cui ciurma aveva scoperto il registratore di volo vicino alla luna LV-426, dove avevano trovato anche una nave derelitta precedentemente scoperta dall'equipaggio della Nostromo e un nido di uova aliene contenute al suo interno. Esplorando la derelitta, la moglie di Marlow fu attaccata da un facehugger. Fu quindi portata a bordo di Sevastopol per un trattamento medico d'emergenza, ma morì dopo che un chestburster nacque. Waits convince Ripley a contenere l'alieno all'interno di un modulo remoto della stazione. Sebbene Ripley abbia successo, Waits espelle il modulo dalla stazione con lei ancora all'interno. Mentre il modulo si dirige verso KG-348, Ripley compie un salto nello spazio tornando a Sevastopol usando una tuta spaziale. Ripley fa ritorno per affrontare Waits, ma Ricardo rivela che gli androidi di servizio della stazione hanno improvvisamente cominciato a sterminare il restante equipaggio, inclusi Waits. Samuels tenta di interfacciarsi con l'intelligenza artificiale controllante della stazione, APOLLO, per fermare la carneficina. Tuttavia, le contromisure difensive del sistema lo uccidono poco dopo aver aperto una via per Ripley nel cuore di controllo di APOLLO. Lì, Ripley scopre che Seegson aveva tentato di vendere Sevastopol a Weyland-Yutani, che aveva istruito APOLLO a proteggere l'alieno a tutti i costi. Ripley dice ad APOLLO che la creatura non è più a bordo della stazione e pretende di cessare ogni attività, ma il sistema rifiuta, affermando che "le verifiche pianificate del reattore non sono verificate". Al reattore, Ripley scopre un nido di alieni e avvia una purga del reattore per distruggerlo. Ripley apprende da Ricardo che Taylor fu inviata a recuperare l'alieno e che liberò Marlow in cambio della posizione di LV-426. Tuttavia Marlow la tradì e la prese in ostaggio a bordo dell'Anesidora. A bordo dell'Anesidora, Ripley scopre un messaggio di sua madre registrato dopo la sua relazione iniziale sugli eventi sul Nostromo, fornendo finalmente a Ripley la chiusura. Marlow tenta di sovraccaricare il reattore di fusione dell'Anesidora per distruggere la stazione e assicurarsi che nessuna creatura aliena sopravviva; Taylor lo uccide nel tentativo di invertire il processo, ma lei stessa viene uccisa dalla scarica elettrica, costringendo Ripley a fuggire poco prima che l'Anesidora esploda. L'esplosione distrugge gli stabilizzatori orbitali di Sevastopol, causando che la stazione derivi lentamente nell'atmosfera di KG-348. Ripley e Ricardo contattano il Torrens per l'estrazione, ma un facehugger si aggancia a Ricardo, costringendo Ripley ad abbandonarlo. Dopo aver fatto la sua strada all'esterno per aiutare il Torrens a staccarsi dalla stazione, Ripley è circondata da creature aliene e, infine, spinta nello shuttle dall'esplosione. A bordo del Torrens, Ripley scopre che un altro alieno è salito a bordo dell'astronave. Quando Ripley è accerchiata nell'arialock, si espelle da sé e l'alieno nello spazio. Alla deriva nella sua tuta spaziale, Ripley viene risvegliata da una luce di ricerca.