Poco dopo la sua seconda avventura, Through the Looking-Glass, la casa di Alice fu bruciata in un incendio accidentale, uccidendo la sua famiglia e lasciandola come l'unica sopravvissuta. Con il passare del tempo, Alice perde il contatto con la realtà. È internata al Rutledge Asylum, dove è osservata e curata dal Dott. Heironymous Wilson. L'unico possedimento di Alice al Rutledge è un coniglio di peluche. Dieci anni dopo che Alice fu internata a Rutledge, si ritrova risucchiata di nuovo in un Wonderland che è stato distorto dalla sua mente spezzata. The White Rabbit richiama Alice per aiutare un Wonderland radicalmente alterato, che è diventato una versione contorta di se stesso, mentre cadeva sotto il terribile dominio della Queen of Hearts. The Cheshire Cat fa da compagno ad Alice per tutto il gioco, apparendo spesso per guidarla con commenti criptici.