The Bonfire of the Vanities si svolse nove anni dopo gli eventi della Battaglia di Forlì. Firenze era caduta sotto il dominio del monaco Girolamo Savonarola, che controllava la città con nove luogotenenti, e con la Apple of Eden l'aveva rubata a Ezio Auditore gravemente ferito. Dopo essersi recato a Firenze per recuperare la Apple, Ezio incontrò Niccolò Machiavelli nel quartiere Oltrarno della città. Lì, Niccolò gli affidò il compito di assassinare i luogotenenti di Savonarola, che terrorizzavano la gente e la rendevano docile. Dopo che i nove luogotenenti erano caduti, la gente di Firenze si sollevò e assaltò la residenza di Savonarola al Palazzo Pitti. Lì, lo scacciarono, e se Savonarola cercò di sottometterli con la Apple, Ezio sbatté via la Piece of Eden dalla sua mano con un pugnale da lancio. I civili poi portarono il monaco al rogo nella Piazza della Signoria. Mentre gli Assassins inseguivano la folla verso la piazza, Ezio concluse che nessuno meritava di morire in tale dolore, e uccise Savonarola con Hidden Blade prima che potesse soffrire. Poi rivolse al popolo di Firenze un discorso su come dovrebbero seguire la propria strada, e non quella di chiunque altro.