Il gioco si svolge dopo la conclusione di Banjo-Tooie, in cui il corpo di Gruntilda è distrutto da Banjo e Kazooie. Sono passati otto anni dalla sconfitta di Gruntilda. Mentre Banjo e Kazooie mangiano pizza, giocano ai videogiochi e ascoltano la radio, scoprono che la testa staccata di Gruntilda sta tornando a Spiral Mountain. Stanno per combattere quando vengono fermati da Lord of Games (L.O.G.). Egli tenta di risolvere il conflitto tra i due ideando una serie di mondi e sfide. Usa i suoi poteri per dare a Gruntilda un corpo artificiale e per ripristinare la forma fisica della coppia, ma non le loro mosse dai giochi precedenti. L.O.G. trasporta i personaggi a Showdown Town, il suo quartier generale, e dà inizio alla gara. Il vincitore potrà possedere Spiral Mountain; il perdente dovrà sopportare un eterno supplizio presso la fabbrica di videogiochi di L.O.G. Mentre Banjo e Kazooie cercano di vincere completando le sfide, Gruntilda usa i suoi poteri e le sue abilità per cercare di fermare la coppia. Un esercito di Gruntbots meccanici aiuta anche la strega Gruntilda nel suo obiettivo. Il gioco si conclude con Gruntilda e Banjo che cercano di affrontare un duello finale quando L.O.G. interviene nuovamente per fermarli. Dopo che L.O.G. invia Gruntilda a lavorare nella sua fabbrica di videogiochi, ricompensa Banjo e Kazooie ripristinando le loro mosse e consegnando loro i documenti di proprietà di Spiral Mountain. Gruntilda giura che averla portata nella fabbrica è stato un errore e che lei farà il proprio videogioco.