Il gioco inizia con Capitano Aeran Pierce e il resto della sua Delta Force Echo Squad inviati ad indagare su un presunto bunker di armi in Iraq. Sono accompagnati dal capo di un team scientifico d'élite, Doctor Noa Weis. Il bunker è infestato da esseri umani mutati e fauna selvatica mutata (conosciuti collettivamente come Xenos) creati da un cristallo alieno trovato nel bunker. Questo cristallo immobilizza Pierce e costringe la squadra a ritirarsi. Tre anni dopo, una milizia fortemente armata ha preso il controllo dell'Area 51 e delle aree circostanti, accompagnata da un focolaio di creature aliene identiche a quelle incontrate in Iraq.