Il gioco è ambientato in una terra immaginaria chiamata Soma, tre anni dopo che una massiccia guerra nota come la Grande Guerra Shinra devastò la terra e uccise la maggior parte della sua flora. L'umanità è costretta a unire i propri sforzi per la sopravvivenza e la riforestazione. Usando una tecnologia recentemente scoperta, un alchimista di nome Hiodoshi guidò un progetto chiamato Project Espgaluda, che raccolse giovani e li utilizzò come soggetti di test per ali corazzate artificiali. Furono poi chiamati Galuda, nome ispirato all'uccello mitico della leggenda. Ageha e Tateha erano due tra i soggetti che fuggirono durante il progetto. Alla fine di Espgaluda, si riunirono con la loro madre e vissero pacificamente dopo essersi nascosti. Espgaluda II inizia quando vengono scoperti.