Il gioco inizia con il protagonista, che aveva provato a fuggire dai Cyborg usando una jetbike. Purtroppo il suo veicolo è stato gravemente danneggiato e si schianta nella giungla di Titan. Si sveglia dopo un po', trova una pistola e in seguito recupera un holocube. Il suo stesso ologramma gli dice che è Conrad B. Hart e che deve andare a trovare Ian a New Washington, dicendo che non è al sicuro. Dopo un breve viaggio nella giungla, incontra Bolton e gli chiede di trovare il suo teletrasportatore per assistenza medica. Dopo aver recuperato il teletrasportatore, si teleporta lasciando la sua carta d'identità. Dopo essersi inoltrato per un po', Conrad incontra Joe, che gli dice che New Washington è giù la buca dietro di lui, ma serve una Cintura Antigravità. Per averla, chiede diversi frutti di Grenada. Dopo aver scambiato ciò che entrambi vogliono, Conrad salta nella buca e attiva la cintura per arrivare in sicurezza a New Washington. Presso il luogo di Ian, sente un Cyborg che lo sta interrogando su un neurophage. Dopo averlo salvato, gli restituisce una parte della sua memoria e gli fornisce un campo di forza per proteggerlo dai proiettili. Conrad controlla poi la sua GBI Virtual Reality con un professore virtuale, che lo prende in giro e gli rivela la sua posizione criptica. Trova un Memory Flash in quel luogo, per scoprire un accordo con alieni in incognito nella Death Tower. Conrad chiede a Joe una nuova identità per lo show televisivo Death Tower. Joe dice che il costo è di 1500 crediti e indica l'Administration Center per ottenere un Permesso di Lavoro per uno stipendio. Usa la carta d'identità di Bolton per ottenere un Permesso di Lavoro. Dopo aver svolto il suo primo lavoro, ottiene un altro Memory Flash, riguardante un incontro tra lui e il vero professore, che gli dice che la Terra sta venendo silenziosamente invasa dagli alieni soprannominati Morphs. Parla poi di un neurophage che ha creato per distruggerli tutti. Man mano che svolge altri lavori, ritrova altri pezzi della sua memoria, nonché istruzioni per trovare il neurophage e il suo attivatore. Con tutto lo stipendio guadagnato svolgendo i lavori, compra ciò che voleva da Joe e entra nello Death Tower TV show come Jay Carpenter. Dopo aver vinto lo show e ottenuto un biglietto per la Terra, Conrad parla con l'annunciatore per chiudere l'accordo. Il Morph travestito rivela poi di avere il nuovo senatore e Sonia, la ragazza di Conrad, e li attende per essere assorbiti da The Mind. Dopo aver ucciso l'annunciatore, usa il biglietto per la Terra per salvare Sonia e il pianeta. Alla fine, viene arrestato al porto spaziale della Terra da poliziotti cyborg corrotti, ma riesce a scappare. Incontra di nuovo Ian, che dice che cancellare la propria memoria per ingannarli non ha funzionato, ricordandogli che aveva dato il suo primo Flashback, e rivela che è un Morph, e l'obiettivo dei Morph: perfezionare l'umanità diventando un'entità potente. Gli mostra il suo doloroso ultimo Flashback: mostrando che aveva un piano molto rischioso per andare nel mondo natale dei Morph. Poi si mette al volante di una jetbike, e chiede a Bolton dov'è il senatore, e parla del Paradise Club. Quando ci va, assiste a un incontro tra il senatore e i Morph, che lo assorbono, e parla della colonizzazione della Terra. Il condotto di ventilazione su cui si trovava cadde per il suo peso e fu imprigionato da loro. Riesce a scappare e incontra di nuovo Ian, e lo uccide. Trova un teleporter che lo conduce al loro mondo natale. Dopo essere stato teletrasportato, libera il professore dalla sua prigionia, e gli dice di liberarsi di un cervello ausiliario affinché possa salvare Sonia. Dopodiché gli dice di distruggere The Mind e di usare il neurophage nel nucleo del pianeta. Quando incontra The Mind, questa cerca di persuadere Conrad ad essere assorbito da lei, ma viene derisa e dice di preferire restare se stesso. Dopo averlo distrutto, Conrad libera il neurophage. Mentre dice a Sonia che è dispiaciuto, il professore gli dice di correre poiché non molto distante c'è una navicella. Conrad riesce a lasciare Morph Planet vivo mentre esplode insieme alla navicella. Cerca di capire dove si trovi sulla mappa, solo per scoprire che la sua posizione è sconosciuta. Scontento, mentre va nella sua stanza, il suo holocube mostra un ologramma di Conrad che lo felicita. Poi Conrad entra in animazione sospesa mentre la navicella va. I crediti mostrano le cutscene, inclusa una in cui termina l'animazione sospesa e lui si risveglia. La cutscene post-credits è una discussione tra alcuni dei personaggi, con Sonia che sente che Conrad è ancora vivo.