La trama del videogioco è ambientata nell'anno 2171, 50 anni dopo gli eventi di Front Mission 5: Scars of the War. Nel corso del XXII secolo, le superpotenze mondiali guardano allo spazio per l'espansione e iniziano a costruire grandi strutture chiamate ascensori orbitali. Con un numero sempre crescente di satelliti di sorveglianza e tecnologie basate nello spazio in sviluppo, si instaura un'atmosfera in stile Guerra Fredda poiché le unioni sovranazionali usano queste tecnologie per sorvegliare i loro avversari sulla Terra. La trama di Front Mission Evolved ruota attorno all'ingegnere USN Dylan Ramsey. Ingegnere presso lo sviluppatore di armi Diable Avionics, Dylan inizia a testare un prototipo di wanzer su Long Island, New York. Nel bel mezzo del test del wanzer, forze sconosciute iniziano ad attaccare New York City e il suo ascensore orbitale, Percival. Preoccupato per la sicurezza di suo padre in città, parte per New York all'interno del prototipo. Mentre attraversa la città per raggiungere la National Strategic Research Laboratory (NSRL), Ramsey assiste le forze USN nel fronteggiare gli assalitori sconosciuti. Dopo aver fronteggiato numerosi wanzers nemici, veicoli e velivoli, Dylan arriva nei locali del NSRL proprio quando missili vengono lanciati contro l'edificio. Con suo padre apparentemente morto, affronta l'attaccante, Marcus Seligman della Apollo's Chariot. Il combattimento è interrotto quando l'ascensore orbitale inizia a crollare su New York City. Dopo che Percival crolla, Dylan viene arruolato nell'USN Army mentre si prepara per la guerra contro l'Oceania Cooperative Union.