Λ Core Plus presenta anche una nuova Modalità Storia. La storia è una continuazione della trama di Guilty Gear XX. Tutti i personaggi hanno una trama, e le trame coprono i principali eventi legati al mistero dei Gears, "That Man" e al conflitto con l'Ufficio di Amministrazione Postbellica, ecc. La modalità utilizza un sistema di Zapping completamente ramificato, con un totale di 350 scenari. Il gioco introduce anche un nuovo personaggio non giocabile (PNJ): lo scienziato Crow dell'Ufficio di Amministrazione Postbellica, che attacca il cast nella Modalità Storia usando cloni privi di mente di Justice.