La trama è liberamente basata sull'arco X-Men: Onslaught della continuità Marvel Comics: a seguito di un incidente in cui il mutante telepatico Charles Xavier fu costretto ad entrare nella mente di Magneto, una parte della rabbia di Magneto si insinuò nella psiche di Xavier, e, fondendosi con le emozioni più oscure di Xavier, generò una potente entità psichica nota come Onslaught. Il gioco amplia la storia facendo sì che la coscienza di Xavier chiami a raccolta eroi dall'universo Capcom per aiutarlo a fermarlo.