Sono trascorsi migliaia di anni dalla guerra tra il Pianeta Gradius e Bacterion subspaziale. La leggenda dell'aeromobile da combattimento è diventata un mito... Nella Terra del XXI secolo, il misterioso Bacterion visita la Terra e prosegue la guerra. Aoba Anoa, studentessa della seconda superiore del liceo St. Gradius, è stata cercata dall'organizzazione segreta anti-Bacterion "G" per i suoi talenti, e divenne la fanciulla 'Angel'. Le fu data una Riding Viper chiamata Vic Viper. Millenni dopo la leggenda, ne è iniziato un nuovo mito.