Nell'anno 2011 d.C., dopo la guerra di civiltà tra Angel Squadrons e Gofer Sisters, prima che i loro ricordi venissero rubati, la scatola musicale è stata vietata. Inter-Dimensional Organization G è ora la continuazione della nuova Bacterian Army, con 4 nuove squadriglie come membri per sconfiggere la Bacterian Force sconosciuta, e la Dark Force è stata portata sulla Terra e ha messo in moto la loro distruzione, ma le squadriglie sono tornate indietro nel tempo per affrontare le loro forze più potenti nel mondo reale del pianeta Gradius.