Project Sylpheed è uno sparatutto in stile arcade ed è il seguito di Silpheed: The Lost Planet sulla PlayStation 2. La storia del gioco si svolge nell'anno 2632, cinquecento anni dopo che l'umanità ha lasciato il sistema solare. Sotto il dominio della Terra, 11 diversi sistemi stellari sono stati terraformati e colonizzati. Tuttavia, ci sono diversi gruppi che si oppongono al dominio della Terra e desiderano l'indipendenza; quattro di essi si sono uniti e hanno formato un gruppo ribelle chiamato ADAN Freedom Alliance. I personaggi principali della storia sono Katana Faraway, Ellen Bernstein e Margras Mason; tutti sono giovani piloti che si sono appena uniti all'esercito terrestre, le Forze Armate Centrali Terrestri (TCAF). A seguito di un incidente sospetto, Margras si unisce alle forze avversarie ADAN per combattere contro i suoi vecchi amici e il pianeta natale. Tu controlli Katana nel gioco, e man mano che le missioni vengono completate la storia avanza. Mentre i precedenti giochi Silpheed utilizzavano una vista dall'alto sull'azione, Project Sylpheed presenta una vista completamente in 3D, sia da poco dietro la tua astronave, sia in prima persona dall'interno di essa. Durante il gioco dovrai completare una serie di missioni; queste sono varie e includono dover distruggere tutti gli avversari in un'area o difendere una nave alleata dall'attacco. Inizialmente ci sono meno nemici e non hai armamenti potenti, ma man mano che il gioco progredisce il numero di nemici aumenta e aumentano anche le loro abilità, e puoi aggiornare la tua nave con armi più potenti. Durante una missione possono anche diventare disponibili diversi sotto-obiettivi che possono essere completati (alcuni dei sotto-obiettivi sbloccano anche Xbox 360 Achievements quando completati).