Mezzo secolo dopo che la resistenza della Red Faction e i loro alleati Marauder hanno liberato Marte dall'oppressione brutale della Earth Defense Force, l'armonia su Marte è di nuovo minacciata, ma questa volta da una forza letale avvolta nel mistero. Quando il massiccio Terraformer che fornisce a Marte aria e meteo simili a quelli terrestri viene distrutto, l'atmosfera si trasforma in caos, super-tornados e tempeste di fulmini avvolgono il pianeta. Per sopravvivere, i Coloni fuggono nelle miniere sotterranee e costruiscono una rete di grotte abitabili. Cinque anni dopo, Darius Mason, nipote degli eroi della Rivoluzione Martiana Alec Mason e Samanya, gestisce un'attività lucrativa da Bastion, snodo sotterraneo dell'attività dei Coloni. Estrazione, saccheggio, lavoro da mercenario: se il lavoro è pericoloso, Darius è l'uomo giusto. Poche persone sane osano ora avventurarsi sulla superficie devastata, a parte gli appaltatori come Darius e i contrabbandieri che trasportano merci tra gli insediamenti. Quando Darius viene ingannato nel riaprire un misterioso pozzo in un vecchio tempio Marauder, libera un male a lungo dormiente e scatena Armageddon su Marte. Mentre gli insediamenti dei Coloni e dei Marauder vengono dilaniati, solo Darius e la Red Faction possono salvare l'umanità. La battaglia li porterà attraverso il pianeta devastato dalle tempeste — e al di sotto di esso, nel cuore stesso della minaccia indicibile.