Spider-Man: Edge of Time è un seguito di Shattered Dimensions e, similmente, vede più di un Spider-Man assumere un ruolo da protagonista. Qui è lo Spider-Man regolare, classico 'Amazing' Spider-Man, e Spider-Man 2099 – in una storia piena di viaggi nel tempo, battaglie temporali e Anti-Venom. La spina dorsale di questa storia sembra svolgersi più come una storia di Spider-Man 2099, poiché è l'unico personaggio davvero consapevole degli avvenimenti del gioco e dei cambiamenti che incontrano entrambi gli Spider-Man. Fin dall'inizio, la situazione è cupa per l'Amazing Spider-Man, che inizia il gioco quasi morto, e 2099 è l'unico in grado di aiutarlo. Un nuovo cattivo, Walker Sloan, entra in scena con un piano per ricostruire il passato (a partire dall'anno 2099) a sua immagine e somiglianza, piano che finisce per influenzare entrambi gli Spider-Man. Da quel momento, il caos si sviluppa nello stile tipico dei fumetti, con il gameplay equamente diviso tra Amazing Spider-Man e Spider-Man 2099, e ogni livello alternato intrecciato con gli eventi di uno Spidey all'altro.