Il gioco è ambientato nell'anno 2174, due anni dopo gli eventi di Zone of the Enders. Segue Dingo Egret, un minatore che lavora su Callisto. Inavvertitamente scopre l'Orbital Frame Jehuty, nascosto. Quando viene attaccato dalle forze BAHRAM venute per impossessarsi di Jehuty, Dingo si arrampica su Jehuty e affronta gli aggressori, tra i quali vi è una pilota di Orbital Frame di nome Ken Marinaris. Durante la battaglia, Dingo entra nella nave da battaglia dei BAHRAM, apparentemente sconfiggendo Nephtis, un Orbital Frame controllato da un programma AI basato sullo stile di combattimento di Viola, ma viene domato da Anubis, l'analogo superiore di Jehuty controllato dal Col. Ridley "Nohman" Hardiman, leader dei BAHRAM. Nohman chiede a Dingo di unirsi a lui ancora una volta. Quando Dingo rifiuta, poiché i suoi compagni erano stati sacrificati da Nohman anni fa, Nohman gli spara e lo lascia morire.