Prologo Nove mesi dopo la morte del Joker, i tassi di criminalità a Gotham City sono drasticamente diminuiti, ma Batman prevede una nuova minaccia e vigila sulla città. Prima della sua morte, il Joker aveva inviato il suo sangue mutato agli ospedali di Gotham, e diversi pazienti sono stati infettati. Sebbene la maggior parte sia stata curata, i pazienti che non sono stati trattati stanno iniziando a sembrare e comportarsi come il Joker. Batman cerca una cura per le mutazioni e ordina a Robin di sorvegliare gli infetti. Il Cavaliere di Arkham Nella notte di Halloween, Scarecrow scatena la sua versione più recente del Gas della Paura in un diner, e minaccia di diffonderlo in tutta Gotham. Sei milioni di civili vengono evacuati, ma i criminali e i supercriminali della città restano indietro, lasciando il Commissario James Gordon e il Dipartimento di Polizia di Gotham in inferiorità numerica. Batman indaga sulla presenza di Scarecrow e lo cerca in una base sicura sul tetto, ma invece trova e salva Poison Ivy, che era tenuta prigioniera dagli scagnozzi di Scarecrow. In una Batcaverna improvvisata nella Torre dell'Orologio di Gotham, Barbara Gordon sta raccogliendo informazioni sulla nuova tossina di Scarecrow e ne rintraccia la produzione fino ad Ace Chemicals. Batman va a indagare, ma è affrontato dal misterioso "Arkham Knight" e la sua milizia, che dispone di un enorme esercito di carri armati senza pilota. Batman si fa strada tra la milizia, apprendendo dai lavoratori che Scarecrow sta pianificando di produrre un'esplosione chimica così grande da coprire l'intera costa orientale con la tossina della paura. Batman raggiunge Scarecrow, che gli rivela che Barbara è stata rapita dall'Arkhan Knight prima di fuggire. Mentre si riduce il raggio dell'esplosione, Batman è esposto alla tossina della paura, che reagisce con il suo sangue mutato provocando allucinazioni del Joker. Fuggendo dall'Ace Chemicals in esplosione, Batman è costretto a dire a Gordon della partecipazione di sua figlia nella sua lotta al crimine, e Gordon, arrabbiato, giura che troverà Barbara senza l'aiuto di Batman. I piani di Scarecrow Batman rintraccia l'Arkham Knight in una rete di tunnel sotterranei, sperando di apprendere da lui dove si trovi Barbara, ma viene invece assalito da lui. Batman allora dà la caccia al convoglio in fuga, solo per scoprire che l'autista è un diversivo, che usa un sintetizzatore vocale che lo fa suonare come l'Arkham Knight. Batman interroga l'autista e apprende che stanno dirigendosi verso North Refrigeration. Lui e Nightwing interrogano Penguin, che dice loro che il Knight e Scarecrow si stanno incontrando con un uomo d'affari di nome Simon Stagg, che gestisce una società farmaceutica. Dopo aver salito a bordo dell'aeromobile di Stagg, Batman scopre che Scarecrow ha pagato Stagg per creare un dispositivo noto come la "Cloudburst", ma Stagg ha tentato di ingannarli e è stato cosparso di tossina della paura come punizione. Dopo aver raggiunto Scarecrow e aver interrogato Stagg, Batman è nuovamente esposto alla tossina, che provoca una forte risposta allucinogena. Scarecrow scappa con la Cloudburst. Batman riceve un messaggio da Scarecrow che rivela che Barbara si trova nella stessa base sicura dove Ivy era stata tenuta, ma prima che Batman possa salvarla, Barbara viene cosparsa di tossina della paura e si spara in testa. Batman e Alfred Pennyworth sono devastati, ma Alfred convince Batman a non perdere la speranza, per il bene di Barbara. Alfred spiega a Batman che la Cloudburst è un dispositivo di dispersione progettato per inondare Gotham intera con la tossina della paura. Per contrastare questo effetto, Batman chiede l'aiuto di Ivy, che prende il controllo di un grande albero che sviluppa enormi fiori capaci di neutralizzare la tossina.