Prologue Nove mesi dopo la morte del Joker, i tassi di criminalità a Gotham City sono drasticamente diminuiti, ma Batman prevede una nuova minaccia e mantiene una vigilanza sulla città. Prima della sua morte, il Joker inviò il suo sangue mutato agli ospedali di Gotham, e diversi pazienti furono infettati. Mentre la maggior parte fu curata, i pazienti non trattati stanno iniziando a assomigliare e comportarsi come il Joker. Batman sta ricercando una cura per le mutazioni e ordina a Robin di sorvegliare gli infetti. The Arkham Knight Nella notte di Halloween, Scarecrow scatena la sua nuova variante del Gas della Paura in un diner, e minaccia di diffonderlo per tutta Gotham. Sei milioni di civili sono evacuati, ma i criminali e i supercriminali della città restano dietro, lasciando il commissario James Gordon e la Polizia di Gotham City in inferiorità numerica. Batman indaga sulla presenza di Scarecrow e lo cerca in un rifugio sul tetto, ma invece trova e salva Poison Ivy, che era tenuta prigioniera dai sicari di Scarecrow. In una Batcaverna improvvisata nella Torre dell'Orologio di Gotham, Barbara Gordon sta raccogliendo informazioni sul nuovo veleno di Scarecrow e ne traccia la produzione ad Ace Chemicals. Batman va ad indagare, ma viene affrontato dal misterioso "Arkham Knight" e dalla sua milizia, che ha un'enorme armata di carri armati senza equipaggio. Batman si fa strada tra la milizia, apprendendo dai lavoratori che Scarecrow sta pianificando di produrre una esplosione chimica così grande da coprire l'intero litorale orientale con la tossina della paura. Batman raggiunge Scarecrow, che gli rivela che Barbara è stata rapita dall'Arkhan Knight prima di fuggire. Durante la riduzione del raggio d'esplosione, Batman è esposto alla tossina della paura, che reagisce con il suo sangue mutato causando allucinazioni del Joker. Fuggendo dall'Ace Chemicals in esplosione, Batman è costretto a rivelare a Gordon il coinvolgimento di sua figlia nella sua lotta al crimine, e Gordon, indignato, giura che troverà Barbara senza l'aiuto di Batman. Alfred Pennyworth è devastato, ma Alfred convince Batman a non perdere la speranza, per Barbara’s sake. Scarecrow's Plans Batman rintraccia l'Arkham Knight in una rete di tunnel sotterranei, sperando di apprendere da lui dove si trovi Barbara, ma invece viene assalito da lui. Batman quindi dà la caccia al convoglio in fuga, solo per scoprire che l'autista è un decoy, usando un sintetizzatore vocale che lo fa sembrare l'Arkham Knight. Batman interroga l'autista e scopre che si dirigono verso North Refrigeration. Lui e Nightwing interrogano Penguin, che dice loro che l'Arkham Knight e Scarecrow si stanno incontrando con un uomo d'affari di nome Simon Stagg, che gestisce una società farmaceutica. Dopo essere saliti sul dirigibile di Stagg, Batman scopre che Scarecrow pagò Stagg per creare un dispositivo noto come la "Cloudburst", ma Stagg ha tentato di tradirli ed è stato irrorato con tossina della paura come punizione. Dopo aver raggiunto Scarecrow e aver interrogato Stagg, Batman è nuovamente esposto alla tossina, che provoca una potente risposta allucinogena. Scarecrow scappa con la Cloudburst. Batman riceve un messaggio da Scarecrow che rivela che Barbara è nella stessa safehouse in cui era tenuta Ivy, ma prima che Batman possa salvarla, Barbara viene irrorata con tossina della paura e si spara alla testa. Batman e Alfred Pennyworth sono devastati, ma Alfred convince Batman a non perdere la speranza, per Barbara. Alfred spiega a Batman che la Cloudburst è un dispositivo di dispersione progettato per allagare tutta Gotham con la tossina della paura. Per contrastare questo effetto, Batman chiede l'aiuto di Ivy, che prende il controllo di un grande albero che sviluppa fiori giganti in grado di neutralizzare la tossina.