Il gioco è ambientato nella fittizia Hope County, nel Montana, dove un predicatore di nome Joseph Seed è diventato una figura di rilievo nella regione. Seed crede di essere stato scelto per proteggere la gente di Hope County da un "collasso inevitabile" e ha fondato una congregazione chiamata Eden's Gate. A prima vista, ciò serve a portare avanti la sua missione di condurre la gente alla salvezza; in realtà, Seed è un predicatore radicale e Eden's Gate è una setta militaristica del giorno del giudizio. Sotto il suo governo, Eden's Gate ha usato sia coercizione sia violenza per convertire forzatamente i residenti di Hope County, e intimidazione per impedirgli di contattare il governo federale per chiedere aiuto. Quando un tentativo di arrestare Seed termina con la morte di diversi agenti di polizia, il giocatore viene trascinato nel conflitto armato tra Eden's Gate e i restanti residenti di Hope County che si stanno organizzando in un movimento di resistenza. Il giocatore assume il ruolo di un vice-sceriffo inviato a Hope County per arrestare Seed. Seed ha assunto il titolo di "the Father" e mantiene il controllo su Hope County con l'aiuto dei suoi fratelli, noti come "the Heralds": Jacob, un ex ufficiale militare che supervisiona i loro soldati armati; John, un avvocato che è riuscito ad acquisire gran parte della terra di Hope County per Eden's Gate; e Faith, che agisce come pacifista per portare la gente a credere e fidarsi del fratello maggiore. I residenti di Hope County contrari a Seed includono Pastor Jerome, un leader della chiesa locale che ha visto rapita la sua congregazione da Eden's Gate; Mary May, una barista il cui padre è stato assassinato dal culto; e Nick Rye, un pilota di aerei irroratori che vuole eliminare l'influenza del culto per costruire un futuro migliore per i suoi figli.