I Due Colonnelli, quello di Colonnello Khlebnikov, appena sotto la superficie, sotto la città morta di Novosibirsk, mentre si dirige verso casa da suo figlio Kirill, per la vigilia di Capodanno. Ma non tutto va bene tra la gente qui: la melma sta consumando ulteriormente i tunnel, gli attacchi dei mutanti sembrano essere in aumento e la preziosa 'green stuff' che protegge la gente dall'avvelenamento da radiazioni sta finendo. Per garantire la sopravvivenza di chiunque tra la popolazione, coloro che sono al comando potrebbero dover prendere misure drastiche… Seguendo il viaggio e le esperienze di Khlebnikov durante gli ultimi giorni di vita a Novosibirsk, che il Colonnello Miller ripercorre un anno dopo, i giocatori possono aspettarsi il classico gameplay guidato dalla trama della serie Metro in questo nuovo capitolo lineare, completo di una nuovissima arma, il mortale lanciafiamme, ambienti claustrofobici e quella tensione da brividi così familiare.