La vita non va sempre come previsto, e tu — in quanto protagonista — ti trasferisci alla Gekkoukan High School, situata al centro dell'isola artificiale Tatsumi Port Island, solo per essere attaccato da una creatura terrificante nel tuo dormitorio. Nel mezzo del caos, ti risvegli con la tua Persona — una forza potente che può essere usata per combattere. Un gruppo di altri individui che condividono questo potere ti recluta nel loro Specialized Extracurricular Excecution Squad (S.E.E.S.), e inizia così il tuo viaggio per scoprire i misteri dietro questi incidenti...